Antes de la llegada de los españoles este pueblo estaba en los valles de Gazaguán, que es hoy la parte oriente del departamento era el epicentro de la familia chibcha.
En 1650 en el proceso de evangelización de los indígenas el fraile domínico Alonso Ronquillo fundó el pueblo en su localización actual llevando indígenas sacados de su antiguo poblado. Hacia 1721 los indígenas incendiaron el poblado y el cura Fray Pedro José Tavero tuvo que huir a Gachetá escapando de la furia de los Indígenas.
Medina esta ubicada en la estribaciones de la cordillera oriental, a tan solo 1 hora de Villavicencio Meta, tiene una extension de 1.915 Kilómetros cuadrados, de los cuales 19.380 hectáreas hacen parte del Parque Nacional Natural Chingaza.
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